الدليل القطعي على صحة تطور الانسان وباقي الحيوانات

هل التطور خرافة .. تم اثبات بطلانها ام انها حقيقة عليها الكثير من الادلة التجريبة ؟ من الذي يدعم بقاءها!

ادلة من علم الأحياء الجزيئي.

"لدى كل من البشر والشمبانزي مجموعات متطابقة من الحمض النووي المتضرر لبقايا حمض نووي لفيروسات القهقرية. لسخرية القدر ولسوء خط الخلقيين تتواجد في مواقع متماثلة تسببها  فيروسات دمجت نفسها عن غير قصد (اثناء النسخ العكسي لجينات الفيروس) في خلية جنسية (المنوية أو البويضة) في سلف رئيسي من أجداد الحيوانات، وأصبحت علامة وراثية عبر كل الأنواع التطورية.

إن هذه الفيروسات الارتجاعية "القهقرية"  ERV لم تثبت أصلنا فقط مع الشمبانزي، بل تكشف لنا أيضا عن إرتباطنا بأولاد عم آخرين أكثر بعداً مثل الغوريلا، والجِبّوْن  Gibbon ، واللَّيْمُوريات  Lemur

وتعد الندبة HERV-K10 أحد هذه الأمثلة. الموجودة في جينوم جميع الرئيسيات والبشر باستثناء قرود العالم الجديد (وهي حقا قرود صغيرة تشبه الفأر مثل التامارين والمارموسيت). هذا يعني أن بقاية اجزاء فيروس HERV-K10 تم دمجه بعد أن انفصلنا جميعا عن سلالة قردة العالم الجديد، ولكن قبل أن ننفصل عن شجرة الرئيسيات.  SINE-R و ZNF80 هم جينين آخرين مدمجين فقط في البشر والشمبانزي والغوريلا. هذا يعني ان  تم دمجهما بعد أن انفصلنا جميعا عن إنسان الغاب، غيبونز والليمورات ولكن قبل أن ننفصل عن الشمبانزي والغوريلا.  SINE-RC2 موجود فقط  في البشر. هذا يعني أن SINE-RC2 قد اقحم في جيناتنا بعد انفصالنا عن الشمبانزي والغوريلا.

وقد تم تحديد أكثر من ٤٠ من هذه  ERV's المتطابقة في البشر/الشمبانزي وحدهما، وتشير دراسات رسم خرائط  الجينية إلى أنه قد يكون هناك أكثر من 100,000 من عناصر فيروسية داخلية ERV's عبر جميع الفقاريات ما يجعل من ممكن تحديد التاريخ المفصل لجميع العلاقات التطورية.

أما المستويات  الثلاث من الأدلة التي توفرها اثار الاصابات بالفيروسات القهقرية "ERV" فهي كما يلي:

• المستوى الأول: وجود اثار لاصابات بفيروسات القهقرية في مواقع متماثلة بين أنواع منفصلة تصنيفياً.

يشمل جينوم الفقاريات على مئات الالاف من هذه الاصابات، التي تحدد درجة تباعد او تقارب الكائنات الحية وفترات انفصال في شجرة التطور، اصابة الاسلاف بهاذه العوامل الممرضة، نفع التطور بطريقتين الاولى، لعبها دور "عوامل اختبار" بغربلة الجينات القادرة على البقاء عن الغير قادرة، والتي انقرضت وبتالي تحسين الكفاءة التطورية للكائن وقدرته على بقاء، وثانية وهي الاهم، اغناء الكائنات بجينات نافعة معقدة موجودة في جينوم الفيروس المهاجم، والتي تستقر في حمض نووي للمضيف؛ 70% من حمض نووي البشري تطور بهذه الطريقة. تسمى الجينات القابلة لنقل Transposable elements او الجينات القافزة، هذا يدل على اهمية الفيروسات بظهور البشر، وتطورهم بهذا الشكل . بحسب هذا المصدر (International Human Genome Sequencing Consortium 2001; de Koning 2011; Smit et al. 2013).

هذه الجينات ذات الاصل الفيروسي فقد اغلبها وظيفته في بناء ( تشفير) بروتينات، وبعضها حافظ على وظيفة التنظيم او ترتيب تسلسل الحمض النووي ومنها من له دور في تنشيط او تثبيط جينات معينة. الا ان 75% من حمض نووي البشري ما يزال يعتبر خردة ( المصدر هنا )  اي ان هذه جينات معطلة لا يمكنها بناء بروتينات التي تؤدي ادوار حيوي لا غنى عنها، في حياة الانواع المختلفة.

      "ما يؤكد ان البشر ينتمون الى فصيلة الرئيسيات التي تشمل الشمبانزي والبونوبو والغوريلا ... الخ.  فنحن البشر نشترك مع باقي فصيلتنا باصابات متطابقة في نفس مكان والزمان والكيفية ." 

في الصورة تركيبة فيروس القهقري 

• المستوى الثاني: الدرجات النسبية لانقطاع اجزاء LTR-LTR  في النذوب الفيروسية الارتجاعية  تكون كاملة الطول في مكان واحد.

وبما أن مُكَرَّرُ النهاية الطَّويل LTRs متطابقة عند النسخ العكسي والاقحام اللاحق، فإن التباعد الأكبر يرتبط بالإدخال الأقدم. وبالتالي فإن أنماط الانقطاع تشير إلى تسلسلات من الاختلافات تتسق مع تلك المبينة في التوزيع.

• المستوى الثالث: وجود طفرات مشتركة في نفس موضع وبنفس تسلسل الهرمي المتداخل بين اثار الصابات الفيروسية .

وبما أن الطفرات تتراكم وتُثبت في أعداد الكائنات، فإن توزيع الطفرات المشتركة يشير إلى سلسلة من الأحداث الفريدة ذات اصل مشترك في ماضي. والتي يستحيل وقوعها بصدفة في نفس مكان والزمان وبنفس الطريقة  بما يتفق مع تلك التي يتهم بها التوزيع وانقطاع مُكَرَّرُ النهاية الطَّويل LTR

هل هذا كله يعود للصدفة ؟

أغلب هذه الاثار" العلامات" الفيروسية  القهقرية  الموجودة بين الكائنات اليوم ثبت انها مشتركة وبتالي منشاءها هو عدوى فيروسية اصابة الاسلاف التي عاشت قديما. ومن الامثلة على الاصابات المشتركة في الرئيسيات ( الانسان والشمبانزي و البونوبو والغوريلا وقردة العالم القديم والجديد) هناك اصابة المشتركة في كروموسوم   4Q32 و 19p13.11 و 22Q11 و 1Q23 وغيرها من الاثار الموضحة في الصورة ادناه.

 هذه الامثلة وغيرها التي تقدر بمئات الالاف من الاصابات المشتركة والمتطابقة كماً وكيفاً. والمتزامنة تثبت بما يجعل من شبه المستحيل ان تكون هذه الاثار باصابات الفيروسية،  قد وقعت بصدفة في مليارات الكائنات الموجودة اليوم، وهذا دليل قطعي على صحة حدوث التطور وان تطور حقيقة لا شك بدلك ابدا.

للمزيد والمراجع: 

Anderssen, S., E. Sjøttem, G. Svineng, and T. Johansen. "Comparative Analyses of LTRs of the ERV-H Family of Primate-Specific Retrovirus-like Elements Isolated from Marmoset, African Green Monkey, and Man." Virology 234.1 (1997): 14-30. <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9234943>.

Barbulescu, M., G. Turner, M. Su, R. Kim, M. Jensen-Seaman, A. S. Deinard, K. K. Kidd, and J. Lenz. "A HERV-K Provirus in Chimpanzees, Bonobos and Gorillas, but Not Humans." Current Biology 11.10 (2001): 779-83. <http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(01)00227-5>.

Belshaw, R., J. Watson, A. Katzourakis, A. Howe, J. Woolven-Allen, A. Burt, and M. Tristem. "Rate of Recombinational Deletion among Human Endogenous Retroviruses." J Virol 81.17 (2007 Sep): 9437-442. <http://jvi.asm.org/content/81/17/9437.full>.

Belshaw, R., V. Pereira, A. Katzourakis, G. Talbot, J. Paces, A. Burt, and M. Tristem. "Long-term reinfection of the human genome by endogenous retroviruses." Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101.14 (2004): 4894-899. <http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=15044706>.

Boeke, J. D., and J. P. Stoye. "Retrotransposons, endogenous retroviruses and the evolution of retroelements." (1997). In. Coffin, J. M., S. H. Hughes, and H. E. Varmus. Retroviruses. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1997. <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=rv.chapter.3430>.

Cann, Alan. "Retroviruses." MicrobiologyBytes. Web. 26 Oct. 2009. <http://www.microbiologybytes.com/virology/Retroviruses.html>.

Chimpanzee Sequencing and Analysis Consortium. "Initial Sequence of the Chimpanzee Genome and Comparison with the Human Genome." Nature 437.7055 (2005 Sep 1): 69-87. <http://www.nature.com/nature/journal/v437/n7055/full/nature04072.html>.

Cohen, C. J., W. M. Lock, and D. L. Mager. "Endogenous retroviral LTRs as promoters for human genes: a critical assessment." Gene 448.2 (2009): 105-14. <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19577618>.

Dangel, A. W., B. J. Baker, A. R. Mendoza, and C. Y. Yu. "Complement component C4 gene intron 9 as a phylogenetic marker for primates: long terminal repeats of the endogenous retrovirus ERV-K(C4) are a molecular clock of evolution." Immunogenetics 42.1 (1995): 41-52. <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7797267>.

Dunlap, K. A., M. Palmarini, M. Varela, R. C. Burghardt, K. Hayashi, J. L. Farmer, and T. E. Spencer. "Endogenous retroviruses regulate periimplantation placental growth and differentiation." Proc Natl Acad Sci U S A. 103.39 (2006): 14390-5. <http://www.pnas.org/content/103/39/14390.full>.

Gregory, T. R. "The Evolution of Complex Organs." Evolution: Education and Outreach 1.4 (2008): 358-89. <http://www.springerlink.com/content/t125078h5p201442/>.

Hughes, J. F., and J. M. Coffin. "Human endogenous retroviral elements as indicators of ectopic recombination events in the primate genome." Genetics 171 (2005): 1183-194. <http://www.genetics.org/cgi/content/abstract/genetics.105.043976v1>.

International Human Genome Sequencing Consortium. "Initial Sequencing and Analysis of the Human Genome." Nature 409.6822 (2001 Feb 15): 860-921. <http://www.nature.com/nature/journal/v409/n6822/full/409860a0.html>.

Johnson, W. E., and J. M. Coffin. "Constructing primate phylogenies from ancient retrovirus sequences USA." Proceedings of the National Academy of Sciences 96.18 (1999): 10254-0260. <http://www.pnas.org/content/96/18/10254.full>.

Kurdyukov, S. G., Y. B. Lebedev, Artamonova II, T. N. Gorodentseva, A. V. Batrak, I. Z. Mamedov, T. L. Azhikina, S. P. Legchilina, I. G. Efimenko, K. Gardiner, and E. D. Sverdlov. "Full-sized HERV-K (HML-2) Human Endogenous Retroviral LTR Sequences on Human Chromosome 21: Map Locations and Evolutionary History." Gene 273.1 (2001 Jul 25): 51-61. <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11483360>.

Lebedev, Y. B., O. S. Belonovitch, N. V. Zybrova, P. P. Khil, S. G. Kurdyukov, T. V. Vinogradova, G. Hunsmann, and E. D. Sverdlov. "Differences in HERV-K LTR insertions in orthologous loci of humans and great apes." Gene 247.1-2 (2000): 265-77. <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10773466?dopt=Abstract>.

Medstrand, P., and D. L. Mager. "Human-Specific Integrations of the HERV-K Endogenous Retrovirus Family." J Virol 72.12 (1998 Dec): 9782-787. <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC110489/>.

Mitchell, R. S., B. F. Beitzel, A. R. Schroder, P. Shinn, H. Chen, C. C. Berry, J. R. Ecker, and F. D. Bushman. "Retroviral DNA integration: ASLV, HIV, and MLV show distinct target site preferences." PLoS Biology 2.E234 (2004). <http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=15314653>.

Mura, M., P. Murcia, M. Caporale, T. E. Spencer, K. Nagashima, A. Rein, and M. Palmarini. "Late Viral Interference Induced by Transdominant Gag of an Endogenous Retrovirus." Proc Natl Acad Sci U S A 101.30 (2004 Jul 27): 11117-22. <http://www.pnas.org/content/101/30/11117.long>.

Murcia, P. R., F. Arnaud, and M. Palmarini. "The transdominant endogenous retrovirus enJS56A1 associates with and blocks intracellular trafficking of Jaagsiekte sheep retrovirus Gag." J Virol. 81.4 (2007): 1762-72. <http://jvi.asm.org/cgi/content/full/81/4/1762>.

Palmarini, M., C. Hallwirth, D. York, C. Murgia, T. De Oliveira, T. Spencer, and H. Fan. "Molecular Cloning and Functional Analysis of Three Type D Endogenous Retroviruses of Sheep Reveal a Different Cell Tropism from That of the Highly Related Exogenous Jaagsiekte Sheep Retrovirus." J Virol 74.17 (2000 Sep): 8065-76. <http://jvi.asm.org/cgi/content/full/74/17/8065?view=long&pmid=10933716>.

Polavarapu, N., N. J. Bowen, and J. F. McDonald. "Identification, characterization and comparative genomics of chimpanzee endogenous retroviruses." Genome Biology 7.R51 (2006). <http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1779541>.

Salem, A. H., D. A. Ray, J. Xing, P. A. Callinan, J. S. Myers, D. J. Hedges, R. K. Garber, D. J. Witherspoon, L. B. Jorde, and M. A. Batzer. "Alu Elements and Hominid Phylogenetics." Proc Natl Acad Sci U S A 100.22 (2003 Oct 28): 12787-2791. <http://www.pnas.org/content/100/22/12787.full>. 

Skinner, L. M., M. Sudol, A. L. Harper, and M. Katzman. "Nucleophile Selection for the Endonuclease Activities of Human, Ovine, and Avian Retroviral Integrases." Journal of Biological Chemistry 276.1 (2001): 114-24. <http://www.jbc.org/cgi/content/full/276/1/114>.

Steinhuber, S., M. Brack, G. Hunsmann, H. Schwelberger, M. P. Dierich, and W. Vogetseder. "Distribution of human endogenous retrovirus HERV-K genomes in humans and different primates." Human Genetics 96.2 (1995): 188-92. <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7635468>.

Targeting HIV Replication. Boehringer Ingelheim. Boehringer Ingelheim GmbH. Web. 3 Nov. 2009. <http://hiv.boehringer-ingelheim.com/com/HIV/index.jsp>. 

Taruscio, D., and L. Manuelidis. "Integration Site Preferences of Endogenous Retroviruses." Chromosoma 101.3 (1991 Dec): 141-56. <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1790730>.

Wang, G. P., A. Ciuffi, J. Leipzig, C. C. Berry, and F. D. Bushman. "HIV Integration Site Selection: Analysis by Massively Parallel Pyrosequencing Reveals Association with Epigenetic Modifications." Genome Res 17.8 (2007 Aug): 1186-194. <http://genome.cshlp.org/content/17/8/1186.long>.

Yohn, C. T., Z. Jiang, S. D. McGrath, K. E. Hayden, P. Khaitovich, M. E. Johnson, M. Y. Eichler, J. D. McPherson, S. Zhao, S. Pääbo, and E. E. Eichler. "Lineage-specific Expansions of Retroviral Insertions within the Genomes of African Great Apes but Not Humans and Orangutans." PLoS Biol. E110 3.4 (2005 Apr). <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1054887/>.